Toshkent islom universiteti qoshidagi Malaka oshirish fakultetining asosiy maqsadi xalqimizning muqaddas e'tiqodi - islom diniga oid boy ma'naviy-madaniy merosining jamiyat hayoti va rivojidagi o'rni bilan bog'liq masalalarni davlat va jamoat tashkilotlari, diniy muassasalar, o'z-o'zini boshqarish organlariga chuqur singdirishdir.

2000 yildan buyon quyidagi soha mutaxassislarining malakasi oshirildi:

Malaka kursi tinlovchilariga bir nechta turdagi kitoblar va tarqatma materiallar tarqatildi.

O'zbekiston Respublikasi Ichki ishlar vazirligi xodimlariga o'qitilgan ma'ruzalar asosida "Jaholatga qarshi ma'rifat-tinchlik va barqarorlik asosi" nomli kitob nashr qilindi.

Oliy va o'rta maxsus ta'lim vazirligi professor-o'qituvchilari uchun "Diniy ekstremizm va terrorizmga qarshi kurashning ma'naviy-ma'rifiy asoslari" maxsus kursini dasturi va o'quv qo'llanmasi tayyorlanib chop etildi.

Malaka oshirish kurslarida quyidagi malakali fan doktorlari: A.Xasanov, S.Agzamxodjayev, Z.Islomov, U.Uvatov, E.Talabov, A.Achildiyev, fan nomzodlari; A.Abdullayev, SH.Akmalov, R.Obidov, A.Jo'zjoniy, D.Raximjonov, O.Yusupov, katta o'qituvchilar; SH.Ismoilov, A.Mansurov, I.Mirziyotov, H.Yuldashxo'jayev, E.Ibragimov, O'.Xasanboyev, U.G'ofurov, N.Abulxasan, A.Abdujabborov, K.Komilov va boshqalar diniy ekstremizm, mazxablar, xadis ilmi tarixidan, tasavvuf kabi bir qator fanlardan qiziqarli ma'ruzalar qilmoqdalar.

2005-2006 o'quv yilida quyidagi ishlar amalga oshirildi:
1. Universitet professor-o'qituvchilari va Ichki Ishlar Vazirligi xodimlari bilan hamkorlikda jazoni o'tash kaloniyalariga borib suhbatlar o'tkazildi.
2. "O'zbekiston musulmonlari idorasi tizimidagi masjidlar imom xatiblari" soha bo'yicha uch haftalik muddatlarda malakasi oshirilmoqda. Imom xatiblarni taxminan 30 foizi atrofidagisi ikkinchi marotaba malakasini oshirmoqda.Saviyasi past deb topilgan ikki yuzdan ortiq imom xatiblar uchun malaka oshirish kurslari tashkil etildi.
3. "Qoraqalpog'iston respublikasi viloyatlar va Toshkent shahrida "Dinshunoslik" fanini o'qitish bo'yicha tajriba-sinov maydonlarida dars beruvchi tarbiyachi va o'qituvchilar" hamda "Malaka oshirish va kadrlarni qayta tayyorlash" institutlarining kafedra mudiri va metodistlari uchun besh yildan buyon avvalgi yillarda 4 marotabadan oxirgi yillarda bir marotaba yaratilayotgan darsliklar "Odob durdonalari", "Odobnoma", "Dinlar tarixi" va "Dinshunoslik" fanlari bo'yicha malaka oshirish kurslari tashkil etildi.
4. "Axborot va kommunikasiya" fani bo'yicha Toshkent islom universiteti va Toshkent islom instituti professor-o'qituvchi va xodimlari uchun tashkil etilgan uch oylik malaka oshirish kurslarida malakasini oshirdilar.
5. "Qoraqalpog'iston Respublikasi, viloyatlar, Toshkent shahri va tumanlari mutasaddi rahbarlari, mahalla fuqarolari yig'ini raislari va diniy ma'rifiy ishlar bo'yicha maslahatchilar", "Oliy ta'lim muassasalari", o'rta maxsus kasb-hunar kolleji va akademik liseylarda "Maxsus kurs"dan dars beruvchi professor-o'qituvchilar uchun "Diniy ekstremizm va terrorizmga qarshi kurashning ma'naviy asoslari" bo'yicha uch kunlik malaka oshirish kursi tashkil etildi.
6. Oliy ta'lim muasasalarida "Dinshunoslik" fanidan dars beruvchi professor-o'qituvchilari uchun "Dinshunoslik" fanidan uch kunlik malaka oshirish kursi tashkil etildi.
7. Toshkent viloyati diniy ma'rifiy ishlar bo'yicha "Mahalla" maslahatchilari uchun joylarda borib besh marotaba uch kunlik malaka oshirish kurslari tashkil etildi.
8. Toshkent shahri diniy ma'rifiy ishlar bo'yicha "Mahalla" maslahatchilari uchun besh kunlik malaka oshirish kurslari tashkil etildi.