Ilmiy kengash Toshkent islom unviyersiteti nizomiga muvofiq universitet faoliyatidagi muhim masalalarni ko'rib chiqish uchun tuzilgan. Toshkent islom universiteti Ilmiy kengashi universitet tashkil etilgan kundan boshlab faoliyat ko'rsatib kelmoqda.

Uning asosiy vazifasi O'zbekiston Respublikasining Konstitusiyasi va qonunlarini, Oliy Majlis qarorlarini, Prezident farmonlari va farmoyishlarini, Vazirlar Mahkamasi qarorlarini, Oliy ta'lim vazirligining buyruq va ko'rsatmalarini amalga oshirish bo'yicha universitet jamoasining kuchini birlashtirishdan iborat. Shuningdek, Ilmiy kengash universitet miqyosida quyidagi ishlarni amalga oshiradi:

- o'quv jarayoni va ilmiy tadqiqotlarni tashkil etish bo'yicha ishlarni tahlil qilish;

- ilmiy tadqiqotlarni muvofiqlashtirish;

- talabalarni ma'naviy-ma'rifiy ruhda tarbiyalashga oid muhim masalalarni ko'rib chiqish;

- ilmiy tadqiqotlarning muhim masalalari bo'yicha universitet yetuk olimlarining ilmiy ma'ruzalarini eshitish;

- tadqiqotchilar qabul qilish;

- professor-o'qituvchilar, aspirant va tadqiqotchilarning dissertasiyaviy tadqiqot mavzularini ko'rib chiqish va tasdiqlash;

- ilmiy unvonlarni (dosent, professor) berish to'g'risidagi masalalarni muhokama etish va tasdiqlash;

- universitet qoshidagi , Islomshunoslik ilmiy tadqiqot markazi, Manbalar xazinasi, akademik lisey va ixtisoslashgan maktab faoliyatini o'rganish va hokazo.

Ilmiy kengash quyidagi tarkibda shakllantiriladi:

- Ilmiy kengash raisi - universitet rektori;

- Ilmiy kengash kotibi;

- Fakultetlar va boshqa tuzilmaviy tarkiblarning rahbarlari;

- Ilmiy hamda pedagogik jamoasining vakillari.

Bugungi kunda Ilmiy kengashning 33 ta a'zosi bor. Ilmiy kengash a'zolari qatoriga respublikamizda ko'zga ko'ringan fan va davlat arboblari, universitet rahbariyati, fakultet dekanlari, kafedra mudirlari, kasaba uyushmasi, xotin-qizlar qo'mitasi, "Kamolot" yoshlar ijtimoiy harakatining boshlang'ich tashkiloti raislari kiritilgan. Binobarin, Ilmiy kengash tarkibida bitta akademik, 10 ta fan doktori, 9 ta professor, to'qqizta dosent, to'qqizta fan nomzodi mavjud.

Ilmiy kengash raisi - i.f.d., prof. Ravshan Voxidovich Abdullayev.
Ilmiy kotib - fil.f.n. Azizova Naibaxon Saydaminovna.

Ilmiy kengash to'g'risidagi Nizom Ilmiy kengashning ishini rejalashtirish, materiallarni ko'rib chiqishga tayyorlash, majlislar o'tkazish va qarorlar qabul qilish hamda ish yuritish tartibini belgilaydi. Ilmiy kengashning faoliyati bir yil muddatga tuzilgan va muhokama qilinib, Ilmiy kengash qarori bilan tasdiqlangan ish rejasi asosida olib boriladi.

Ilmiy kengash majlislarida universitet faoliyatiga doir tashkiliy, ma'naviy-ma'rifiy, o'quv, ilmiy ishlar va nashr masalalari xamda tashqi xorijiy aloqalar, professor-o'qituvchilar, xodimlarning ijtimoiy muhofazasiga doir masalalar muhokama etiladi va ular yuzasidan tegishli qarorlar qabul qilinadi. Ilmiy kengash qarorlarining bajarilishi bo'yicha muntazam ravishda monitoring olib boriladi va natijalari haqida har bir majlisda ma'lumot berib boriladi.